Situado en pleno corazón de la sierra de Cazorla, ocupa la parte norte del valle del Alto Guadalquivir. Pertenece a la comarca de Sierra de Cazorla y su término municipal acoge a 3 pedanías: Agrupación de Santo Tomé (con 50 habitantes), Las Ericas (sin habitar), Los Arroyos de Plaza (20 habitantes). Santo Tomé en su mitad oriental es montaña repoblada con coníferas y parte integrante del parque natural de las Sierras de Cazorla, Segura y Las Villas. La mitad occidental es tierra de cultivo, donde predomina el olivar. Esta variedad paisajista concede a la zona de un clima con muchos meses de calor e inviernos fríos (a partir de Noviembre con algunas nieves hasta Febrero).
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